W oddziale prowadzona jest również działalność naukowo-badawcza, której wyniki prezentowane są na krajowych i międzynarodowych kongresach kardiologicznych oraz publikowane w literaturze fachowej. Do wiodących zagadnień będących aktualnie przedmiotem badań w Klinice, należą:

• Poszukiwanie biomarkerów ryzyka nagłej śmierci sercowej – badania własne finansowane przez UJ CM oraz Polskie Towarzystwo Kardiologiczne,
• Analiza stanów infekcyjnych i uszkodzeń elektrod endokawitarnych – metody przezskórnego usuwania elektrod – badania własne
• Ocena nowych miejsc stymulacji – pęczka Hisa i jego rozgałęzień,
• Ocena czynników wpływających na rozwój kardiomiopatii indukowanej przez stymulację prawej komory,
• Opracowanie nowych metod oraz algorytmów postępowania z pacjentami z rzadkimi zaburzeniami arytmogennymi i przewodzenia.”